Efter att ha funnit sig tillrätta i sitt nya liv i Svampriket, tvingas Mario och Luigi komma till undsättning igen, när ett mystiskt rop på hjälp pekar mot Prinsessan Peachs outforskade förflutna. Uppdraget tar Mario och Luigi - och deras nya familj av vänner - bort från välkända marker, och blir början på en storslagen intergalaktisk resa, genom nya världar och med oväntade allianser.